“及時有效的收集、運輸、處理和處置是全面實施的。”疫情爆發后，生態環境部對醫療污水做出了上述規定。目前，全國各地的醫療廢物和醫療廢水處理處置工作穩定有序，未發現因疫情防控而影響環境安全的現象。與一般生活污水相比，醫用污水的組成更為復雜，包括病原微生物、各種檢測試劑和常規污染物。
根據醫療機構(GB18466-2005)水污染物排放標準，傳染病醫療機構污水排放標準的衛生指標為糞便大腸菌群數量小于100MPN/L，不能檢出腸道致病菌和腸道病毒。這也意味著處理，收集和運輸設施和設備，保護消毒代理和安全保護材料，從標準的設施，檢測和監測要進行有效的監督和監督，預防和控制鏈中的許多環節都面臨著嚴峻的挑戰。在此之前，一系列醫療污水處理的“路線圖”相繼生效:2006年實施的“醫療機構水污染物排放標準”，2013年實施的《醫院污水處理工程技術規范》《疫源地消毒通則》2015年發布，不僅保證了醫療污水的標準排放，也提高了城市污水處理應對突發事件的能力。這也要求對醫院產生的污水、廢氣和污泥進行全面控制，并明確消毒時間和余氯量。
同時，COD、BOD5、SS、氨氮等理化指標更為嚴格。一般來說，如何處理醫療污水和污水？醫用廢水處理一般分為一級處理+消毒、二級處理+消毒。具體而言，污水應進入化糞池進行厭氧發酵，然后從化糞池進入格柵。去除大顆粒和雜物后，污水應由調節池、沉淀池和消毒池處理，直至進入市政管網排放和河流排放。“它主要經歷7個步驟:收集、網格、調節、絮凝反應、沉淀、消毒和檢測。”目前，99.4%的定點醫院擁有污水處理設施，其余0.6%的定點醫院采取應急措施處理污水。到目前為止，中國已經形成了從醫院病房防疫到醫院污水處理，再到接受定點醫院污水的城市污水處理廠的三級保護體系。
作為病毒受災嚴重的地區，醫院污水源頭直接消毒通常被視為污染防治的關鍵核心環節。除了一些大型醫療機構采用臭氧和二氧化氯消毒外，大多數定點醫療機構、新建和投入使用的醫院以及臨時集中隔離場所都采用次氯酸鹽。“處理過的醫用污水是否達到標準主要取決于兩個具體標準。”其中，作為醫療污水處理的重要指標--余氯指標要求也較高。
公開信息表明，余氯是指氯放入水中后留在水中的有效氯，除了對細菌、微生物、有機物、水中的無機物質等，消耗一部分氯。疫情爆發前，醫院污水經處理后排入城市污水處理廠，處理后水余氯指數為2-8mg/L;醫院污水處理后，不排入城市污水處理廠，處理后水中余氯指數為3μg10mg/L。在上限下，使用的含氯消毒劑越多，消毒滅菌效果越好。
疫情爆發后，余氯含量指數為6.5~10mg/L，需要用氯滅菌兩次。對于在家或公共場所的正常消毒，主要使用氧化劑等消毒劑，通常與污染物中的還原物質迅速中和，排入下水道的普通化學品之間沒有區別。生態環境部發布的環境質量監測結果還顯示，1月20日至2020年2月29日，生態環境部共對11474個飲用水源進行了監測，未發現飲用水源水質受到疫情防控的影響。其中，就湖北而言，125個水源的地質都達到了或超過了三級標準。武漢市19個飲用水源的水質已達到或超過三級標準。